中心隸屬於五旬節聖潔會香港區會，於1999年成立，是一間非政府資助、非牟利的志願機構。中心本著耶穌基督愛人的精神，透過社會服務，去服務港島東區的青少年及家庭。而中心主要經濟來源是來自籌款活動、收費服務、信徒捐獻、服務計劃收入及投標服務。中心以基督信仰及家庭為本之模式，我們致力提供綜合化、優質之社會服務，以提升個人及家庭整全之身心靈發展，並提升家庭之抗逆能力。

中心前身名為基督教五旬節聖潔會醫務所，由香港五旬節聖潔會所創立。1966年成立的醫務所原座落於九龍慈雲山新村47座，主要服務對象是當時大量湧入香港的中國難民。由於慈雲山需要重新規劃，醫務所被調遷至鳳德村現址，名稱亦改為五旬節聖潔會鳳德醫療中心。作為一個基督教非牟利團體，醫療中心期望能以基督的愛去服務每一位病人，使病人不單得著身體的醫治，也能得著心靈的滋潤。